B

本题考查新版发票管理系统的适用范围。选项B当选，卷式增值税普通发票已纳入新版发票管理系统。尚未纳入增值税发票管理新系统的发票主要有：门票（选项D不当选）、过路（过桥）费发票（选项C不当选）、定额发票（选项A不当选）和客运发票。