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流感嗜血杆菌为革兰阴性小杆菌或球杆菌，在新鲜的感染病灶标本中，形态呈一致的小球杆状；在恢复期病灶或长期人工培养物中常呈球杆状、长杆状和丝状等多形态。流感嗜血杆菌无鞭毛，也不形成芽孢，多数菌株有菌毛，有毒菌株在含脑心浸液的血琼脂培养基上生长6~18小时形成明显的荚膜，但在陈旧培养物中往往丧失荚膜，上呼吸道正常菌群中的绝大多数流感嗜血杆菌是无荚膜的。