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新生隐球菌大多由呼吸道传人，在肺部引起轻度炎症或隐性传染。亦可由破损皮肤及肠道传入。当机体免疫功能下降时可向全身播散，主要侵犯中枢神经系统，发生真菌性脑膜炎、脑炎、脑肉芽肿等。此外，可侵入骨骼、肌肉、淋巴结、皮肤黏膜引起慢性炎症和脓肿。