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种是细菌分类的基本单位，将生物学性状基本相同的细菌群体归成一个菌种；性状相近、关系密切的若干菌种组成一个菌属；相近的属归为一个科。同一菌种的各个细菌，虽然表型特征基本相同，但某些方面仍可存在差异，因此在种之下还可分亚种、型，差异明显的称为亚种，差异较小的称为型。