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SDS是一种阴离子表面活性剂，可以与蛋白质分子的疏水基团结合，破坏蛋白质分子中的非共价键，将蛋白质解离成亚基，同时是蛋白质分子带上大量的SDS阴离子。SDS-PAGE电泳时，蛋白质分子量的对数与电泳移动距离呈线性关系。用已知分子量的标准蛋白质绘制成标准曲线，可以测定未知蛋白质分子量。