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原发性吞噬细胞缺陷是吞噬细胞数量减少或功能障碍，以中性粒细胞减少症最常见。常见疾病有中性粒细胞减少症慢性肉芽肿（CGD）；G-6-PD（葡萄糖-6磷酸脱氢酶）缺乏症；IAD（白细胞黏附功能缺陷）；CHS（Chediak-Higashi综合征）；髓过氧化物酶缺陷。