进入体内的三硝基甲苯在肝微粒体和线粒体的参与下通过氧化、还原、结合等途径进行代谢。其代谢问题至今不明确。但接触TNT工人尿内可以检出4-氨基-2，6-二硝基甲苯(4-A)、2-氨基-4，6-二硝基甲苯(2-A)、原形TNT，以及2，4-和2，6-DA(2，4-二氨基硝基苯和2，6-二氨基硝基苯)以及其他代谢物。工人尿内4-A含量最多，也有一定量的原形TNT，因此，尿4-A和原形TNT含量可作为生物监测指标。