细菌性痢疾(简称菌痢)是痢疾杆菌引起的。痢疾杆菌分为四个菌群：甲群(志贺氏痢疾杆菌)、乙群(福氏痢疾杆茵)、丙群(鲍氏痢疾杆菌)、丁群(宋氏痢疾杆菌)。四茵群均可产生内毒素，甲群还可产生外毒素。四种痢疾杆菌都能引起普通型痢疾和中毒型痢疾。我国目前痢疾的病原菌以福氏痢疾杆菌为主，宋氏和鲍氏痢疾杆菌有增多趋势。