伤寒杆菌由口进入消化道，侵犯小肠粘膜的淋巴组织，在淋巴结内繁殖增多，再进入血液引起发热、困倦、头痛、全身不适及恶心、呕吐、腹泻等症状，此时称菌血症期，如做血培养，可见伤寒杆菌生长。细菌随血流带到各个脏器，但主要病变在肠道。发病第l周，小肠壁的淋巴结皆肿胀，第二、第三周，在肿胀的基础上，局部坏死、结痂，结痂脱落即形成溃疡，溃疡达到一定深度、大小，可以引起出血和穿孔。