伤寒杆菌一般只感染人，病菌由口进入人体，如未被胃酸消灭，就会在碱性的肠道环境中大量繁殖，并通过小肠粘膜，侵入局部淋巴结，经淋巴侵入血循环而布满全身，成为第一次菌血症，而进入淋巴组织中的大量病菌死亡后，放出的内毒素使肠道淋巴结发生炎症，部分病菌又侵入血液，形成所谓第二次茵血症，引起全身性感染中毒症状。