表皮痣持续存在，而线状苔藓可自行消退，同时病理上有疣状及乳头瘤样增生，故可与线状苔藓区别。线状排列的扁平苔藓与银屑病在病理上有一定的特征，结合临床可以与本病区别。线状汗孔角化病组织病理可见特征性角化不全柱（鸡眼样板），其下颗粒层消失。痣细胞痣由痣细胞构成，其特点为细胞排列成巢状。而表皮痣无痣细胞。