不同部位发生的生殖细胞瘤产生的症状各有不同。
1.鞍区肿瘤：
鞍区肿瘤患者的病史较短，多为数月，常表现为下丘脑-垂体的功能障碍，如尿崩和全垂体功能的减退；也可以引起视力视野的损害，可能伴有脑积水和颅内压增高。约90％以上鞍区生殖细胞瘤患者以中枢性尿崩症为首发症状。
2.松果体区肿瘤：
松果体区肿瘤病史稍长，可为数年，由于压迫中脑顶盖，患者可出现Parinaud综合征，表现为眼球不能上视，或伴有瞳孔对光反射消失；由于导水管受压可能引起梗阻性脑积水，颅内压增高，引发头痛、恶心、呕吐和视乳头水肿等症。此外，约有70%的患儿可出现性早熟。
3.基底节区肿瘤：
肿瘤位于基底节和丘脑，可导致运动和感觉的传导通路受损，出现偏瘫、偏身感觉障碍等症状。