mRNA为线状单链结构。大多数真核mRNA在5＇末端含倒装的7-甲基三磷酸鸟苷(m7Gppp)，称为帽子结构。mRNA的3＇末端有一段长短不一的多聚腺苷酸序列，由数十个至上百个腺苷酸连接而成。3＇末端的多聚腺苷酸结构可增加转录活性，增加mRNA稳定性。5＇加"帽"、3＇加"尾"属转录后加工过程。