垂直传播指病原体从宿主的亲代向子代的传播方式，已知有十多种病毒可引起垂直感染，其中以艾滋病病毒(HIV)、乙型肝炎病毒(HBV)和风疹病毒为多见。梅毒螺旋体可从母体通过胎盘传染给胎儿，引起先天性梅毒。所以不能通过垂直传播的病原体为流行性乙型脑炎病毒。D选项正符合题意，其他选项均不符合题意，故本题选D。