隧道工程的洞身工程环境保护要点包括：①选择低噪声设备机械进场施工，基础要埋入半地下，并铺砂石垫层；②设置隔声屏或利用绿化带减少噪声传播；③采用湿法钻孔，严禁干孔施钻。采取松动爆破，无声振动等技术；④煤系地层中存在瓦斯溢出，作业面应有瓦斯监测报警装置；⑤废渣应设合理的弃渣场，堆放整齐、分层碾压、并确保能防止两岸及下游出现各种水害；⑥选用毒性小、污染少的注浆材料，对进入排水系统中的有害物质做净化处理；⑦对古生物研究有价值的地段，应采取保护措施，并报告业主和文物保护部门。