LDL是发生动脉粥样硬化的重要危险因素之一。HDL可将蓄积在组织的游离胆固醇运送到肝，减少血浆HDL中游离胆固醇的浓度，形成胆固醇从细胞膜流向血浆脂蛋白的浓度梯度，降低组织胆固醇的沉积，从而限制动脉粥样硬化的发生、发展，起到抗动脉粥样硬化作用。脂质过氧化的产物会与LDL的ApoB作用，使ApoB的结构发生改变。氧化的LDL（oxLDL）不易识别LDL受体，于是oxLDL在血液中成为异物而被吞噬细胞清除，清除的结果是动脉粥样硬化的形成。因此，血液中的过氧化脂质可促进动脉粥样硬化的形成。