酶蛋白与辅助因子组成的完整分子，成为全酶，单纯的酶蛋白无催化功能。辅助因子可以是辅酶、辅基、金属离子；与酶蛋白结合比较疏松的小分子有机物称为辅酶；与酶蛋白结合紧密的小分子有机物称为辅基。酶蛋白和辅助因子单独均无催化活性，只有二者结合为全酶才有催化活性。酶蛋白决定催化专一性，辅助因子通常作为电子、原子或某些化学基团的载体决定反应的性质。