细菌的特殊结构有鞭毛、菌毛、芽胞、荚膜四种，鞭毛为细菌的运动器官，芽胞可以用来判断灭菌效果，菌毛中的性菌毛通过传递遗传物质可以引起细菌变异，如产生耐药性变异。鞭毛、菌毛、芽胞、荚膜均与细菌的致病性有关，需要注意的一点是菌毛里的性菌毛只参与遗传物质的传递，与致病性无关。