衣原体的特征是革兰阴性，圆形或椭圆形。有细胞壁，和细菌不同处是无肽聚糖，只含微量胞壁酸，有二硫键连接的多肽作为支架。具有独特的发育周期，类似细菌以二分裂方式繁殖。含有DNA和RNA两种核酸。有核蛋白体，能进行多种代谢，但不能合成带高能键的化合物，必须利用宿主细胞的磷酸腺苷和中间代谢产物作为能量来源。对某些抗生素敏感。