细菌约占粪便干重的1/3成人粪便中主要的菌群是大肠埃希菌、肠球菌和厌氧菌，占80%，还有少量的产气杆菌、变形杆菌、芽胞菌及酵母菌等。健康婴幼儿粪便中主要是双歧杆菌、拟杆菌、肠杆菌、肠球菌、葡萄球菌等。粪便中球菌（革兰阳性菌）和杆菌（革兰阴性菌）的比例大致为1：10。长期使用广谱抗生素，免疫抑制药、慢性消耗性疾病的患者，粪便中球/杆菌比值变大。