利用不同物质理化性质的差异而建立的分离技术。所有的层析系统都由固定相和流动相组成。当待分离的混合物在两相中的分配（含量比）不同，且随流动相向前移动时，各组分不断地在两相中进行再分配。分别收集流出液，可得到样品中所含的各单组分，从而达到将各组分分离的目的。将配体共价结合在适当的不溶性基质上，如常用的琼脂糖珠4B（Sepharose-4B）。将制备的亲和吸附剂装柱平衡，当样品溶液通过亲和层析柱时，待分离的生物分子与配体发生特异性的结合，从而留在固定相上；而无关分子不能与配体结合，仍在流动相中，并随洗脱液流出。留在层析柱中的待分离的分子，通过适当的洗脱液将其从配体上洗脱下来，即得到纯化的待分离物质。亲和层析可用于纯化生物大分子、稀释液的浓缩、不稳定蛋白质的贮藏、分离核酸等。