近年来采用生化反应、抗原分析、核酸杂交和序列分析技术来进行分类，现已发现肠杆菌科31个菌属120多个菌种，与医学密切相关的主要有埃希菌属、志贺菌属、沙门菌属、枸橼酸杆菌属、克雷伯菌属、沙雷菌属、肠杆菌属、哈夫尼菌属、爱德华菌属、普罗威登斯菌属、变形杆菌属、摩根菌属、耶尔森菌属等。引起鼠疫的鼠疫耶尔森菌属于耶尔森菌属细菌。