抗原抗体结合的特异性是指抗原表位与抗体超变区结合的特异性。抗原与抗体结合的高度特异性，是应用于临床诊断的基础，但多数天然抗原具有不止一种抗原决定簇，与另一物质可能有共同抗原，对检验结果产生交叉反应，对临床诊断可能产生干扰，不过有时也将这种交叉反应用于临床诊断，如外斐试验。