①顺式作用元件是指存在于DNA分子上的独特的碱基序列，对自身基因表达具有调节和控制功能的DNA序列，被称为顺式作用元件。转录抑制因子是反式作用因子，化学本质是蛋白质（不选A）。②转录激活因子是反式作用因子，化学本质是蛋白质（不选B）。③α因子不是顺式作用元件（不选C）。④σ因子识别转录起始点，是反式作用因子（不选D）。⑤真核基因的顺式作用元件包括启动子、增强子和沉默子（E对），故本题选E。