患者高热伴头痛、呕吐（颅内压升高的症状），颈抵抗、克氏征（脑膜刺激征阳性），考虑颅内感染。颅内感染一般通过脑室与蛛网膜下腔播散，多累及大脑皮层及丘脑（丘脑为网状上行系统的组成部分，受累后可引起意识障碍；语言中枢位于大脑皮质受累可导致出现听理解及表达障碍）。该患者精神差、烦躁、问话不能正确回答，提示存在意识障碍及语言中枢的受累，故病变最严重的部位是大脑皮层及丘脑。故正确答案为E。