重大动物疫情应急工作的工作原则，根据《重大动物疫情应急条例》第三条：重大动物疫情应急工作应当坚持加强领导、密切配合，依靠科学、依法防治，群防群控、果断处置的方针，及时发现，快速反应，严格处理，减少损失。“加强领导、密切配合，依靠科学、依法防治，群防群控、果断处置”属于指导方针；“及时发现，快速反应，严格处理，减少损失”为工作原则。故选答案C。