致病原因可分为微生物性和非微生物性两大类。根据其不同来源可为外源性或内源性，也可因邻近组织炎症蔓延而致。最常见的是微生物感染，致病微生物可为细菌（如肺炎球菌、流感噬血杆菌、金黄色葡萄球菌、脑膜炎双球菌、淋病奈瑟菌等）、病毒（如人腺病毒株、单纯疱疹病毒Ⅰ型和Ⅱ型、微小核糖核酸病毒）或衣原体。偶见真菌、立克次体和寄生虫感染。物理性刺激（如风沙、烟尘、紫外线等）和化学性损伤（如医用药品、酸碱或有毒气体等）也可引起结膜炎。还有部分结膜炎是由免疫性病变（过敏性）、与全身状况相关的内因（肺结核、梅毒、甲状腺病等）、邻近组织炎症蔓延（角膜、现膜、眼睑、眼眶、泪器、鼻腔与鼻窦等）引起。