沙眼为A、B、C或Ba型沙眼衣原体所致，包涵体性结膜炎的病原体是D～K型沙眼衣原体。二者均可有结膜滤泡、乳头增生，但沙眼主要位于上穹隆及上睑睑板上缘结膜，包涵体性结膜炎病变以下睑结膜和下穹隆为著，二者均可有结膜瘢痕形成，但包涵体性结膜炎无角膜瘢痕和角膜血管翳形成。