PSC起病隐匿，15%～55%的病人诊断时无症状，仅在体检时因发现ALP升高或因炎症性肠病时得以诊断。典型症状为黄疸和瘙痒，其他可有乏力、体重减轻和肝脾大等。黄疸呈波动性、反复发作；并发胆管炎、胆管结石甚至胆管癌时可伴有右上腹痛，中低热或高热及寒战。明显的胆管狭窄、梗阻，导致急性肝损伤甚至发展至肝衰竭。出现慢性胆汁淤积者大多已有胆道狭窄或肝硬化，除门静脉高压症状外，常有脂溶性维生素缺乏、代谢性骨病等。