脂肪酸的活化在胞质中进行,但催化脂肪酸β-氧化的酶系均存在于线粒体中,因此活化的脂酰CoA只有进入线粒体才能进行β-氧化。每次β-氧化包括脱氢、加水、再脱氢、硫解4步酶促反应,可生成比原来少2个C的脂酰CoA及1分子乙酰CoA(E错)。每次β-氧化有两次脱氢反应,脱下的氢分别由FAD 和NAD+接受,生成FADH2和NADH+H+，进入呼吸链氧化产能。