本题考查增值税纳税地点。选项A不当选，选项BC当选，固定业户应当向其机构所在地的税务机关申报纳税，故甲公司转让不动产、向Y市客户出租建筑设备、转让位于W市的不动产应当向机构所在地S市税务机关申报纳税。选项D不当选，固定业户到外县（市）销售货物或者劳务，应当向其机构所在地的税务机关报告外出经营事项，并向其机构所在地的税务机关申报纳税；未报告的，应当向销售地或者劳务发生地的税务机关申报纳税。因此，甲公司在W市提供建筑工程服务应向S市税务机关申报增值税。提示：其他个人提供建筑服务，销售或者租赁不动产，转让自然资源使用权，应向建筑服务发生地、不动产所在地、自然资源所在地税务机关中报纳税。