医疗机构发现乙类或者丙类传染病患者，应当根据病情采取必要的治疗和控制传播措施。流行性出血热（乙类传染病）有较强的传染性。任何单位和个人发现传染病患者后，按照行政管理区域，及时报告所在地县级疾病预防控制机构，再由县级疾病预防控制机构逐级上报，林某应向当地疾病控制机构报告，并立即将患者转诊至有隔离条件的市传染病医院，故选D。