A错误，（以《计价规范》明确规定，包工包料工程的预付款支付比例不得低于签约合同价（扣除暂列金额）的10%，不宜高于签约合同价（扣除暂列金额）的30%。
B正确，预付款在进度付款中扣回，扣回办法在专用合同条款中。
C正确，保函的担保金额可根据预付款扣回的金额相应递减。
D错误，除专用合同条款另有约定外，承包人应在收到预付款的同时向发包人提交预付款保函，预付款保函的担保金额应与预付款金额相同。
E错误，发包人应在预付款扣完后的14天内将预付款保函退还给承包人。