公开招标的缺点是准备招标、对投标申请者进行资格预审和评标工作量大，招标时间长、费用高。同时，参加竞争的投标者越多，中标机会就越小；投标风险越大，损失的费用也就越多，而这种费用的损失必然会反映在标价中，最终会由招标人承担。邀请招标的缺点是由于投标竞争的激烈程度较差，有可能会提高中标合同价，也有可能排除某些在技术上或报价上有竞争力的承包商参与投标。