纳税人应进行土地增值税清算的情形：（1）房地产开发项目全部竣工、完成销售的；（2）整体转让未竣工决算房地产开发项目的；（3）直接转让土地使用权的（选项A当选）。需要注意的是，主管税务机关可以要求纳税人进行土地增值税清算的情形：（1）已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；（2）取得销售（预售）许可证满3年仍未销售完毕的；（3）纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的。