根据《建筑设计防火规范》GB50016-2014（2018年版）
小麦加工厂房为丙类厂房，小麦碾磨车间为乙类，小麦成品库为丙类2项仓库。
选项A：根据规范表3.3.1可知二级耐火等级的丙类多层厂房防火分区最大允许建筑面积为4000㎡，当设置自动灭火系统时最大可为8000㎡。故每层划分2个防火分区正确。但防火分区之间不能采用防火隔墙分隔，即使是4.00h的耐火极限也不能替代防火墙。故A选项错误。
选项B：根据规范表3.3.1可知二级耐火等级的乙类多层厂房防火分区最大允许建筑面积为3000㎡，当设置自动灭火系统时最大可为6000㎡，故B选项正确。
选项C：根据规范表3.3.2可知二级耐火等级的丙类2项多层仓库防火分区最大允许建筑面积为1200㎡，当设置自动灭火系统时最大可为2400㎡。故划分为2个防火分区正确。但是根据规范3.2.9：甲、乙类厂房和甲、乙、丙类仓库内的防火墙，其耐火极限不应低于4.00h，所以采用3.00h的防火墙错误。故C选项错误。
选项D：根据规范3.3.1注1，除甲类厂房外的一、二级耐火等级厂房，当其防火分区的建筑面积大于本表规定，且设置防火墙确有困难时，可采用防火卷帘或防火分隔水幕分隔。采用防火卷帘时，应符合本规范第6.5.3条的规定；而规范6.5.3规定了防火分隔部位设置防火卷帘时，除中庭外，当防火分隔部位的宽度不大于30m时，防火卷帘的宽度不应大于10m；当防火分隔部位的宽度大于30m时，防火卷帘的宽度不应大于该部位宽度的1/3，且不应大于20m，所以D选项防火卷帘长度为20m符合要求。结合A、B、C选项的解析，可知D选项正确。
选项E：根据规范3.3.2注1，仓库内的防火分区之间必须采用防火墙分隔，不能采用防火卷帘分隔，故E选项错误。
由上可知，本题答案为BD。