蛋白质三级结构是指整条多肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置，或整条多肽链中所有原子在三维空间的排布位置。概念中"整条肽链"、"全部氨基酸"和"空间位置"系要点，因此C正确。A叙述的是"某一区段氨基酸"，因此排除A。B叙述"氨基酸的排列顺序"，D叙述"靠肽键形成的结构"，E叙述"主链结构"均属一级结构定义或特点描述，因此B、D、E错误。所以本题应选C。