解析：本题考查的是自体瓣膜感染性心内膜炎的鉴别诊断。本病例患者有先天性心脏病史，查体胸骨左缘第3肋间响亮粗糙的收缩期杂音，考虑为室间隔缺损。亚急性感染性心内膜炎主要发生于器质性心脏病，首先为心脏瓣膜病，尤其是二尖瓣和主动脉瓣其次为先天性心血管病，如室缺、动脉导管未闭、法洛四联症和主动脉缩窄。患者血培养为草绿色链球菌，是诊断亚急性感染性心内膜炎的依据，且因持续性菌血症刺激免疫系统，引起肾损害，而出现血尿和轻度蛋白尿。故本例患者需首先考虑的诊断是感染性心内膜炎。故A项正确。