本题考查流行性乙型脑炎的病变部位。流行性乙型脑炎常表现为体温急剧上升至39~40℃，伴头痛、恶心和呕吐，部分患者有嗜睡或精神倦怠，并有颈项轻度强直及病理征阳性。本题患者出现高热、头痛、恶心颈抵抗等表现，考虑为流行性乙型脑炎。流行性乙型脑炎病变以大脑皮质、基底核和视丘最为严重。故正确答案为D。