（1）会计分录为：
借：长期股权投资 3390000
贷：主营业务收入 3000000
应交税费——应交增值税（销项税额） 390000
借：主营业务成本 1800000
贷：库存商品 1800000
（2）①一次性按1200000元计入应纳税所得额进行缴纳。
②将非货币性资产转让所得1200000元在不超过5年期限内，分期均匀计入相应年度的应纳税所得额，按规定计算缴纳企业所得税。
（3）①一次性缴纳。
②若一次性缴税有困难的，可选择在不超过5个年度内合理确定分期缴纳计划，并报主管税务机关备案后，分期缴纳个人所得税。
③以专利入股属于技术成果投资入股，还可以选择向主管税务机关备案后，在投资入股当期暂不纳税，递延到股权转让时，按股权转让收入减去原值和合理税费的差额，计算缴纳个人所得税。
（4）投资方取得股权的计税基础：以非货币资产的原计税成本为计税基础，加上每年确认的非货币性资产转让所得，逐年进行调整。
被投资方取得资产的计税基础：按非货币性资产的公允价值确定。
（5）甲设备制造厂和王先生不同缴纳税款的方式下，该生物制造公司均按非货币性资产的公允价值确定所取得的资产的计税基础，故不会对生物制造公司取得资产的计税基础产生影响。