（1）不需要缴纳。
理由：纳税人因房屋大修导致连续停用半年以上的，在房屋大修期间免征房产税。本题中1月1日因启动对仓库的大修导致仓库停用，修理工程8月底完工，持续大修半年以上，故免征房产税。
（2）正确。
理由：一般纳税人出租其2016年4月30日前取得的不动产，可以选择适用简易计税方法，按照5%的征收率计算应纳税额。本题中出租其2011年12月竣工自用的仓库，可以采用简易计税方法申报缴纳增值税。
（3）公司出租仓库应缴纳的房产税=15÷（1+5%）×12%=1.71（万元）。
（4）租赁合同的计税依据，为合同所列的租金总额，不包括列明的增值税税款，增值税未单独列明时，计税依据为价税合计金额。
应缴纳印花税=5×12×1‰×10000=600（元）
（5）不需要缴纳契税。
政策依据：房屋交换，契税的计税依据为互换房屋的价格差额。等价互换时，免征契税；非等价互换时，由支付差价的一方缴纳契税。本题为等价互换，所以无需缴纳契税。
需要缴纳土地增值税。
政策依据：企业之间互换房屋，双方均需要视同销售缴纳土地增值税。